原子力显微镜作为一种重要的单分子研究工具，在教学、科研领域的研究中得到了广泛应用。目前主要以测量普通样品的形貌为主，因为生物样品十分“娇贵”，制样方法比较繁琐。
AFM原子力显微镜制样原则：
原子力显微镜的制样原则是要把待测样品固定在干净的其底上，如果样品表面很脏污染物不仅会污染探针，同时还会干扰成像结果。如果下针后样品是移动的也是没办法完成成像的，所以无论是空气中还是液下成像,制样需要满足上述两个条件即干净+固定。
液下成像，*简单的方法是直接在样品表面滴一滴液体，如晶体表面或者比较小的样品。另一种方法是需要将样品整个浸泡在液体中，如细胞测样时,B须将细胞种在培养皿中。浸泡的时候需注意,液体高度不能高于保护套高度，这是很重要的一点。如果要把样品粘在大的基底上，需要注意所用的胶不能是水溶性的。