由于原子力显微镜独特的成像方式，使得它在科学研究工作中，如金属、半导体材料、微电子、物理、化学、生物，纳米材料、生命科学等众多科学领域中得到迅速的发展和应用。但对生物样品的观测还处在比较初级阶段的水平上。
但近年来，国内外研究表明：AFM原子力显微镜在生物医学研究中的应用具有很大潜力。如果我们将细胞学、免疫学、生物化学、分子牛物学、生物物理学等与原子力显微镜技术有机地结合起来，将AFM原子力显微镜和其他仪器设备(如透射电子显微镜、激光共聚焦显微镜、生物质谱、核磁共振、X晶体衍射等)结合起来，相互补允、取长补短，一定会获得很好的研究结果。
当然原子力显微镜也还有许多问题尚未解决。如生物软样品分辨率的提高、生物标本的固定、功能化探针的制备等。尽管如此，可以相信，随着AFM原子力显微镜技术的逐渐成熟，它将对生命科学的发展做出蘑大的贡献。