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原子力显微镜可以检测很多样品，提供表面研究和生产控制或流程发展的数据，这些都是常规扫描型表面粗糙度仪及电子显微镜所不能提供的。

原子力显微镜在材料表面的分析研究方面以其独特的优势而获得广泛应用和很大的发展，是目前材料研究领域不可或缺的重要仪器。

在物理学研究中，金属的表面结构可由晶体结构推断出来，这是从理论出发来讲的。但实际上金属的表面结构很是复杂。而因为原子力显微镜的结构原理，使得···

原子力显微镜的迅速发展为涂料科研人员提供高分辨率的方法来测试涂层的表面形貌,并得到三维的涂层结构图。

血液系统使用原子力显微镜对人外周血淋巴细胞活化48h内的形态学变化进行的研究表明：淋巴细胞在受刺激后形貌发生明显变化，同时细胞表面超微结构也趋复···

原子力显微镜成像将制备好的样品置于afm原子力显微镜的XY扫描台上,用监视器定位所要扫描的样品区域,在空气中室温下利用接触或非接触模式成像。